Formalmente instituídas em 1969, as CCDR (então designadas por Comissões de Planeamento Regional – CPR) tinham como objetivo prioritário elaborar estudos e preparar decisões relativos ao planeamento e ao desenvolvimento das respetivas regiões.

Até 1974, ano que assinala a criação do poder local democrático em Portugal, a missão das CCDR caraterizou-se por uma dimensão consultiva e de acompanhamento dos planos de desenvolvimento regional. O apoio às autarquias locais passou então a constituir um outro objetivo nas funções das Comissões. É nesse contexto que surgem os Gabinetes de Apoio Técnico (GAT), cuja instituição formal ocorre em 1979. Nessa data as Comissões de Planeamento Regional passam a designar-se Comissões de Coordenação Regional (CCR) e são definidas as atuais cinco áreas de intervenção geográfica (Decreto-Lei n.º 494/79, de 21 de dezembro).